Zakonom o državnoj službi u Federaciji BiH, Direktor zastupa i predstavlja zavod, potpisuje sve akte iz nadležnosti zavoda, odgovoran je za korištenje materijalnih i nematerijalnih potencijala.
Za svoj rad direktor odgovara Vladi Federacije BiH i to direktno ministru pravde.
U KPZ postoji zamjenik direktora, koji zamjenjuje direktora u slućaju njegove odsutnosti i spriječenosti i pomaže direktoru u izvršavanju poslova iz njegove nadležnosti.
Za svoj rad zamjenik direktora odgovara Vladi Federacije BiH i federalnom ministru pravde.
Svaki sektor Zavoda, ima pomoćnika direktora, koji vodi svoj sektor.
Pomoćnik direktora za svoj rad odgovara direktoru i pomoćniku direktora zavoda.